تأسس قسم الجراحة بكلية الطب عام 2007، يقوم بتدريس وتدريب طلاب السنوات الثالث والرابع والخامس والسادس في مادة الجراحة العامة والتخصصات الجراحية الدقيقة (جراحة العظام، القلب والأوعية الدموية، جراحة المسالك البولية، جراحة الأعصاب، الجراحة التجميلية، الأشعة التشخيصية). بالإضافة إلى ذلك، يتم تدريس وتدريب طلاب السنة الخامسة بشكل منفصل في طب العيون والأنف والأذن والحنجرة إعداد القسم يقع المكتب الرئيسي للقسم في الطابق الخامس من مستشفى الحسين التعليمي 400 سرير قسم العمليات والحوادث والإصابات.