تأسس فرع الكيمياء الصيدلانية في بداية تأسيس الكلية وذلك لما له من أهمية لكونه أساس للمواد الدراسية الخاصة بكلية الصيدلة ويقوم بتدريس المواد من المرحلة الاولى الى المرحلة الخامسة على حد سواء ويبذل أساتذة الفرع قصارى جهدهم في تأدية واجبهم بالشكل الامثل.