تأسس فرع طب الأطفال في كلية الطب جامعة كربلاء مع تأسيس الكلية في عام 2004 وهو يعنى بتدريس مادة طب الأطفال لطلبة السنة الرابعة و الخامسة و السادسة وذلك من اجل إكسابهم المعرفة العلمية الكافية و المهارات الطبية الأساسية المناسبة من اجل التعامل الأمثل (بعد تخرجهم) مع المشكلات الصحية الرئيسية عند الأطفال.