تأسس فرع الاحياء المجهرية عام 1970 يقوم بتدريس مادة الاحياء المجهرية الطبية والتقانات الحياتية والطفيليلت الطبية الى طلبة المرحلة الثالثة في كلية الطب اضافة الى تدريس طلبة الدراسات العليا للماجستير والدكتوراه. يهدف الفرع الى تعليم الطلبة كيفية دراسة وتشخيص الاحياء المجهرية الدقيقة المهمة طبيا والتعرف على التقنيات والفحوص المختبرية وكيفية تقييمها وربطها بالدلالات السريرية وذلك من خلال منهاج متكامل موحد لجميع كليات الطب في البلد. يرمي الفرع الى اعداد الطبيب المناسب للعمل في مجتمعنا بشكل كفوء.