فرع الأحياء المجهرية هو احد الفروع الخمسة تأسس مع تأسس الكلية في عام 1993, يقوم بتدريس المواد النظرية والعملية في الأحياء المجهرية البيطرية والطفيليات والمناعة والفيروسات لطلبه المرحلة الثالثة ومادة البايولوجي لطلبة المرحلة الأولى بالإضافة إلى تدريس مواد الدراسات العليا باختصاص الأحياء المجهرية والطفيليات (بكتريا , فطريات , فيروسات , مناعة , طفيليات ,) حيث يمنح الفرع شهادة الماجستير في علوم الطب البيطري باختصاصات الأحياء المجهرية (بكتريا , فيروسات , فطريات , مناعة و تقنيه حيويه) وشهادة الماجستير في علوم الطب البيطري باختصاص الطفيليات البيطرية منذ عام 2001-2002 . وتخرجت عشر دورات لحد الان وبلغ عدد الطلبه الكلي المتخرجين والحاملين لشهاده الماجستير68 (بواقع 50احياء مجهريه -18طفيليات)