لكي تواكب هذه المتغيرات بآلية متقنة رسم القسم خطة استراتيجية للبحث العلمي تتضمن ثلاثة محاور رئيسة تتمثل بدراسة البيئة المائية وتلوثها والمصائد السمكية والاستزراع المائي. وعليه فقد وجهت مسيرة البحث العلمي للقسم من نشاط بحثي للأساتذة ومشاريع طلبة الدراسات العليا وفق هذه الاتجاهات، فمن غير الممكن التعرف على أي مسطح مائي ونصيبه من اسناد الحياة دون توفر تحاليل كافية عن خصائصه البيئية غير الحياتية ومحدداتها وتداخلاتها ومصادر التأثير.