تأسس فرع الأمراض في كلية الطب البيطري مع تأسيس الكلية عام 2006 وهو يعنى بتدريس مادة علم الأمراض البيطرية لطلبة المرحلة الثالثة من الناحيتين النظرية والعملية والوقوف على مختلف التغيرات المرضية التي تطرأ على جسم الحيوان ومنها الأمراض التي قد تنتقل الى الانسان. كما يقوم بتدريس المفاهيم الأساسية لمواد أمراض الدواجن وسريريات الدواجن لطلبة المرحلة الرابعة وكذلك تدريس مادة أمراض الأسماك من الناحيتين النظرية والعملية ومادة التشريح المرضي والطب العدلي ومادة السلوك المهني بالإضافة الى مادة سريريات الدواجن لطلبة المرحلة الخامسة.