من أهم الأهداف التي يتطلع فرع الأحياء المجهرية والطفيليات البيطرية الى تحقيقها مستقبلا” هو إنشاء وحدة بحثية تابعة للفرع تكون مصدرا” علميا” وبحثيا” للفروع الأخرى والعمل على رفد طلبة الدراسات العليا بالمعلومات والوسائل العلمية بما يضمن رفع المستوى العلمي.