تسعى كلية الهندسة الطبية إلى إعداد المهندس الطبي ذي الكفاءة العالية علمياً ومهنياً وأخلاقياً، وإلى الاسهام في تعميق الارتباط بالمجتمع من خلال توثيق التعاون مع جميع القطاعات المعنية بالأمور الصحية ومن خلال الشراكات الاستراتيجية الهادفة لتطوير التعليم ودعم فرص التعلم والتطور المهني، كما تسعى إلى التميز في البحث العلمي بما يتناسب مع احتياجات المجتمع ويواكب التطور العالمي.