يعتبر فرع الاحياء المجهرية من الفروع الاساسية في كلية الطب ويضم الفرع مختلف تخصصات الأحياء المجهرية (البكتريا المرضية، الطفيليات الطبية، الرواشح، المناعة السريرية، الفطريات)، اضافة الى موضوع التقانة الاحيائية والبيولوجيا الجزيئية. يقوم الفرع بتدريس طلاب الطب في المرحلة الثالثة، كما تم فتح الدراسات العليا (ماجستير) للفرع في العام الدراسي (2019-2020).